Una de la ventaja de la función .animate() frente a .css() es el slide a la hora de cambiar de una posición a otra. Aquí tenéis un ejemplo de como mover una capa en diagonal.
$("#div").animate({left: '+=100', top: '+=100'}, 1000);
PRUEBA
Etiquetas: capa, diagonal, div, java, JQUERY, mover, slide