1.Editar el archivo application/config.php, añadiendo la carpeta donde tienes la aplicación, por ejemplo localhost/micarpeta/.
$config['base_url'] = 'http://'.$_SERVER['SERVER_NAME'].'/micarpeta/';
$config['index_page'] = '';
$config['uri_protocol'] = 'AUTO';
2.Creal un archivo htaccess en raíz de la carpeta de la aplicación.
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|resources|robots\.txt)
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L,QSA]
No olvides asegurarte de tener activado el rewrite en apache y las directivas necesarias en el archivo de configuración.
